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Revision as of 14:22, 21 June 2012


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+


Enriched pathways on this co-expression cluster<b>Summary:</b><br>Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons.<br><b>Analyst: </b>Emmanuel Dimont<br><br>link to source dataset<br>data

No results for this coexpression

Enriched Gene Ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b> Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br>data

GO IDGO nameFDR corrected p-value
GO:0003677DNA binding3.95036411579275e-15
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GO:0019219regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process1.2954821097401e-10
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GO:0043227membrane-bound organelle2.16633446218497e-09
GO:0065007biological regulation2.44035625068062e-09
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GO:0006139nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process4.72973755730249e-07
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GO:0043226organelle5.62229326061631e-07
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GO:0015189L-lysine transmembrane transporter activity0.0297645329767371
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GO:0042149cellular response to glucose starvation0.0475713832166307
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GO:0003691double-stranded telomeric DNA binding0.0475713832166307
GO:0015809arginine transport0.0475713832166307
GO:0015865purine nucleotide transport0.0475713832166307
GO:0045844positive regulation of striated muscle development0.0475713832166307
GO:0035065regulation of histone acetylation0.0475713832166307
GO:0000739DNA strand annealing activity0.0475713832166307



Enriched sample ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b>To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. <b>Analyst:</b> Hideya Kawaji <br><br>links to source dataset<br><br>cell_data<br>uberon_data<br>disease_data<br>

Cell Type
Ontology termp-valuen
epithelial cell1.57e-19254
neural cell1.31e-0725
Uber Anatomy
Ontology termp-valuen
regional part of nervous system2.20e-2394
nervous system2.20e-2394
central nervous system1.30e-2182
ectoderm2.63e-21173
presumptive ectoderm2.63e-21173
neurectoderm1.26e-2090
ectoderm-derived structure1.08e-19169
neural plate7.85e-1986
presumptive neural plate7.85e-1986
neural tube4.21e-1757
neural rod4.21e-1757
future spinal cord4.21e-1757
neural keel4.21e-1757
brain1.75e-1669
future brain1.75e-1669
organ part1.78e-16219
pre-chordal neural plate7.68e-1561
regional part of brain1.67e-1459
anterior region of body1.87e-14129
craniocervical region1.87e-14129
head3.63e-14123
regional part of forebrain7.04e-1341
forebrain7.04e-1341
future forebrain7.04e-1341
anterior neural tube1.56e-1242
gray matter7.55e-1134
brain grey matter7.55e-1134
telencephalon1.04e-1034
regional part of telencephalon1.96e-1033
cerebral hemisphere3.10e-1032
cell layer1.17e-09312
multi-tissue structure1.65e-09347
epithelium2.64e-09309
cerebral cortex8.67e-0825
pallium8.67e-0825
organism subdivision1.02e-07365
trunk region element2.03e-07107
anatomical cluster6.21e-07286
tube6.95e-07194
cavitated compound organ7.35e-0732
organ segment7.69e-0797
Disease
Ontology termp-valuen
cancer8.40e-25235
cell type cancer1.19e-24143
disease of cellular proliferation5.68e-23239
carcinoma8.63e-21106
germ cell and embryonal cancer1.01e-0922
germ cell cancer1.01e-0922
organ system cancer2.75e-08137


Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression cluster<b>Summary:</b>The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. <b>Analyst:</b> Michiel de Hoon <br><br>link to source data <br> Novel motifs <br>data <br><br> Jaspar motifs <br>data

Novel motifs



JASPAR motifs

Motifs-log10(p-value)

{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}}



ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysis<b>Summary:</b> For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br><br>data

No analysis results for this cluster

Relative expression of the co-expression cluster<b>Summary:</b>Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. <br><b>Analyst:</b>NA<br><br>link to data source<br> data

"{{{coexpression_dpi_cluster_scores_median}}}" is not a number.

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